Химические исследования Евгения Быкова, софт по компьютерной химии, ссылки.


С 15 марта 2004 года официально работаю на должности старшего научного сотрудника в ИНСТИТУТЕ ПО ИЗЫСКАНИЮ НОВЫХ АНТИБИОТИКОВ ИМЕНИ Г.Ф.ГАУЗЕ РАМН, в лаборатории ХИМИЧЕСКОЙ ТРАНСФОРМАЦИИ АНТИБИОТИКОВ, возглавляемую профессором М.Н.Преображенской (нынезаместителем директора по научной работе д.х.н., профессором РАН, Андреем Егоровичем Щекотихиным , где провожу работу по квантовохимическим расчётам структуры, механизмов и реакционной способности антибиотиков и др. биологически активных соединений (см. здесь предыдущие места моей работы и авторские свидетельства). (см. ниже опубликованные работы).Кандидат химических наук; ЗДЕСЬ можно ознакомиться с моей диссертацией. Научные интересы: исследование и прогнозирование квантово-химическими методами реакционной способности органических соединений. Для интересующихся более детально нашими темами и разработками, а также для получения отзывов на авторефераты диссертаций, содержащие квантовохимические расчёты, обращайтесь по нашему почтовому адресу: НИИНА им. Г.Ф.Гаузе РАМН, Россия 119021, Москва, ул Большая Пироговская дом 11, Лаборатория химической трансформации антибиотиков Быкову Е.Е., или пишите на мой e-mail . Звонить: 8(499)245-3753; 8(903)577-5420 Для посещений: (комната №31, строение 2). Общий телефон нашей лаборатории: 8(499) 245-3753, e-mail руководителя: shchekotikhin@mail.ru. А ЗДЕСЬ можно ознакомиться с ПУБЛИКАЦИЯМИ нашей лаборатории.


На приёме у Министра Науки и Образования Кувейта, март 2008 г. Около моего постера на кувейтской конференции март 2008 г. Я и мой коллега Саша Симонов в кампусе кувейтского университета март 2008 г.
10-я школа по квантовой и компьютерной химии. Лекцию по основам квантовой механики читает проф. Абаренков из Санкт-Петербурга 3-10 июля 2006 г. 10-я школа по квантовой и компьютерной химии. Лекцию по молекулярной динамике растворов электролитов читает проф. Пробст из Германии, ассистирует проф. А.Л.Чугреев 3-10 июля 2006 г. 10-я школа по квантовой и компьютерной химии. научный сотрудники НИИНА Е.Е.Быков обсуждает материал лекции с доцентом кафедры общей и неорганической химии Кубанского госуниверситета И.В.Сухно 3-10 июля 2006 г.
М.Н.Преображенская в президиуме международной конференции по химии азотосодержащих гетероциклов CBC2006 памяти профессора А.Коста.День открытия конференции. М.Н.Преображенская беседует в кулуарах конференции CBC2006 с докладчиком из Бразилии (Сан-Паулу) Е.Е.Быков на постерной сессии конференции CBC2006 со своим докладом.
Лавренов С.Н.,Преображенская М.Н.,Лакатош С.А. Лакатош С.А., Щекотихин А.Е., Симонов А.Ю. Олсуфьева Е.Н., Королёв А.М., Лавренов С.Н., Симонов А.Ю.
Быков Е.Е., Преображенская М.Н. на лабораторном коллоквиуме Коллоквиум в лаборатории химической трансформации антибиотиков С.А.Лакатош, Е.Е.Быков, обсуждение результатов теоретического исследования.


В НАСТОЯЩЕЕ ВРЕМЯ МНОЙ ОПУБЛИКОВАНЫ:



В работе я применяю такие популярные программы как GAUSSIAN-94(98), GAUSS VIEW 2.1, HYPERCHEM, GAMESS, MOPAC, AMPAC, SPARTAN-08 e.t.c. Готов осваивать новые химические программные продукты, с предложениями и пожеланиями обращаться сюда



Когда химия, в особенности органическая, полностью встала на научные рельсы и произошло достаточное накопление фактического материала, стали часто возникать вопросы о том, по каким МЕХАНИЗМАМ протекают те или иные реакции.

МЕХАНИЗМ РЕАКЦИИ- это совокупность элементарных актов, которые приводят к превращению реагентов в продукты.

Что происходит в ЭЛЕМЕНТАРНЫХ АКТАХ реакций? До недавнего времени химики могли судить об этом лишь КОСВЕННЫМ ПУТЁМ, проводя различные "перекрёстные эксперименты", "встречные синтезы", проводя качественный и количественный анализ реакционной среды до и после окончания реакции. Подлинной РЕВОЛЮЦИЕЙ стало появление и распространение ИНСТРУМЕНТАЛЬНЫХ ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКИХ МЕТОДОВ, которые давали наиболее объективную картину СТРУКТУРЫ, могущую дать ключ к выяснению МЕХАНИЗМА.

Но существует множество вопросов, решение которых с применением известных ХИМИЧЕСКИХ и ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКИХ МЕТОДОВ НЕВОЗМОЖНО, например, доказательство роли в превращениях КОРОТКОЖИВУЩИХ ЧАСТИЦ: АНИОНОВ, КАТИОНОВ, СВОБОДНЫХ РАДИКАЛОВ, оценка возможности протекания реакции по НУКЛЕОФИЛЬНОМУ или ЭЛЕКТРОФИЛЬНОМУ МЕХАНИЗМАМ, ПЕРИЦИКЛИЧЕСКИЕ РЕАКЦИИ! Подойти к решению этих вопросов помогло возникновение и становления МЕТОДОВ ПРИКЛАДНОЙ КОМПЬЮТЕРНОЙ ХИМИИ, которые условно можно разделить на две подгруппы:


WINMOPAC- Пакет программ MOPAC c РУССКИМ интерфейсом под Windows. Также содержит полный набор программ для полуэмпирических квантовохимических методов расчета: MINDO/3, MNDO, AM1, PM3. Интерфейс программы комфортабелен и нагляден: входящую Z-матрицу удобно редактировать, как в отношении внутренних координат, так и в отношении ключевых слов-параметров.Убрано идиотское ограничение на допустимое значение валентного угла- теперь Mopac не вырубается когда угол достигает "роковые" 180 градусов! Встроена программы ВИЗУАЛИЗАЦИИ, как исходных данных, так и результатов расчёта!

ChemCraft- Пакет программ, подобно MolDraw применяется для графической визуализации рассчитанных структур и исследования их в различных ракурсах.Возможности по сравнению с MolDraw расширены.Полностью визуализированы рассчитанные частоты нормальных колебаний.Есть РУССКОЕ ОПИСАНИЕ ПРОГРАММЫ :))) Составители программы- молодые учёные-программисты Денис и Григорий Журко.

Пакет программ MOPAC- это набор программ для полуэмпирических квантовохимических методов расчета: MINDO/3, MNDO, AM1, PM3. Этот пакет программ не требует значительных ресурсов машины и имеет простой DOS-овский интерфейс. Очень неплохая скорость расчета!

Пакет программ PCMOD- набор программ для расчета структуры методами молекулярной механики. Эта небольшая программа с DOS-овским интерфейсом, позволяет нарисовать рассчитываемую структуру, и предварительно рассчитав её методам молекулярной механики сформировать начальное приближение и Z-матрицу для последующего расчета в формате MOPAC

Пакет программ HYPERCHEM- современная программа для расчета методами квантовой химии, молекулярной механики и для молекулярного моделирования. Программа имеет гибкий по возможностям, красивый интерфейс под Windows 95/98. Требует значительных ресурсов машины и серьёзный недостаток- низкая скорость НЕЭМПИРИЧЕСКОГО расчета, по-видимому связанный с тем, что написан продукт на языке Си++, в отличие от MOPAC, текст который написан на FORTRAN.Один мой коллега и приятель, когда проводил со студентами практические занятия по методам компьютерной химии, как-то сказал своим подопечным на занятии, что про неэмпирику, встроенную в Hyperchem, лучше ЗАБЫТЬ, до того момента, пока вы не приобретёте персоналку (ноутбук) последней модели :))). Скачать рабочий Hyperchem можно ЗДЕСЬ

Пакет программ GAMESS- программа для неэмпирических расчетов с DOS-овским интерфейсом. Эта программа наряду с малым размером и быстротой расчета имеет и недостаток- громоздкий и не совсем удобный ввод стартовой геометрии (Z-матрица). Но в настоящий момент, пошли в ход новые версии под все виды Windows, которые МОЖНО СКАЧАТЬ ЗДЕСЬ; новые версии стали более гибки и допускают практически любой вариант ввода данных- хоть в формате GAUSSIAN, хоть в формате MOPAC и т.д. У GAMESS есть много интересных алгоритмов, которые неподвластны GAUSSIANу, о чём можно кратко прочитать ЗДЕСЬ.

Пакет программ MOLDRAW- программа для изображения рассчитанных структур и исследования их в различных ракурсах. Программа работает под Windows 95/98, имеет небольшой размер и удобный интерфейс. Содержит удобные опции для считывания результатов расчетов программами GAUSSIAN и MOPAC (координаты атомов и их взимосвязь). Хотите- забирайте MOLDRAW ОТСЮДА, не хотите- БЕРИТЕ ЗДЕСЬ CHEMKRAFT :)))

Пакет программ GAUSSIAN- многим кажется наиболее совершенным программным продуктом для квантовохимических расчетов. Программа GAUSSIAN- 98 (03) выполнены соответственно под Windows-98(XP). Интерфейс для ввода удобен и многопрофилен, но программа требует мощных ресурсов PC или рабочей станции! В настоящее время есть версия GAUSSIAN-98, встроенная в пакет ChemOffice.Как обращаться с GAUSSIAN-ом? Обобщить опыт работы с данным программным пакетом, разяснить некоторые нетривиальные приёмы работы, рассказать о корректной подготовке входного задания, возможных ошибках и т.д., попытался доцент кафедры квантовой химии казанского ГТУ Алексей Николаевич Маслий в СВОЕЙ ЛЕКЦИИ, которую он прочитал на 10-й Школе по квантовой и компьютерной химии 3-10 июля 2006 года, в Казани.Автор страницы с удовольствием прослушал эту лекцию :))) Скачать Gaussian-09 ЗДЕСЬ, а визуализатор к нему Gaussian.GaussView.v5.08.Retail - ЗДЕСЬ

  • Пакет программ Spartan-08 (Удобный пакет, Расчёт и визуализация осуществляются на одном поле, как и в Hyperchem но возможностей значительно больше, англ.яз.). Скачать Spartan-08 можно ЗДЕСЬ

    А ЗДЕСЬ моя СТРАНИЧКА В "ЖИВОМ ЖУРНАЛЕ", куда можно написать и что-нибудь обсудить интересное :)))